ยูนิส มะห์มูด เริ่มต้นเล่นฟุตบอลกับสโมสรเล็ก ๆ ในท้องถิ่นอย่าง อัดดิบส์ ซึ่งไม่ค่อยมีชื่อเสียงมากนัก หลังจากนั้นเขาย้ายไปเป็นนักเตะระดับเยาวชนของทีมประจำเมืองคีร์คูกอย่าง สโมสรฟุตบอลคีร์คูก ที่ลงเล่นในลีกอิรักดิวิชัน 1 และถูกค้นพบโดยแมวมองของสโมสรกีฬาอัฏเฏาะละบะฮ์ ทีมใหญ่ประจำอิรักพรีเมียร์ลีกที่ต้องการตัวเขาไปร่วมทีม

อัฏเฏาะละบะฮ์

หลังจากที่มะห์มูด ตกลงย้ายมาเล่นให้สโมสรอัฏเฏาะละบะฮ์ ทีมดังแห่งกรุงแบกแดด เขาก็ได้พัฒนาฝีเท้าขึ้นมาอีกระดับ โดยเขาได้เล่นเคียงข้างกับผู้เล่นทีมชาติอิรักชื่อดังในทีมอย่างอับดุลวะฮาบ อะบู อัลฮาอิล และดาวรุ่งของทีมในขณะนั้นอย่างบัซซิม อับบาส ที่ต่อมากลายเป็นนักเตะคนสำคัญของทีมชาติอิรักอีกคนหนึ่ง

มะมูดห์ทำผลงานในฤดูกาลแรกกับทีมอย่างยอดเยี่ยมและพาทีมคว้าดับเบิลแชมป์ได้สำเร็จ โดยสามารถคว้าแชมป์อิรักพรีเมียร์ลีกประจำฤดูกาล 2001–2002 พร้อมกับคว้าแชมป์อิรักเอฟเอคัพได้ในปีเดียวกัน

จากฟอร์มการเล่นในฤดูกาลดังกล่าวทำให้เขาถูกเรียกตัวติดทีมชาติชุดใหญ่ในการแข่งขันฟุตบอลชิงแชมป์สหพันธ์ฟุตบอลเอเซียตะวันตก 2002 ที่กรุงดามัสกัส ประเทศซีเรีย โดยมะห์มูดเป็นผู้เล่นทีมชาติอิรักที่มีอายุน้อยที่สุดที่ติดทีมชาติชุดใหญ่ และสามารถสร้างผลงานผ่านเข้าถึงรอบชิงชนะเลิศ ไปพบกับทีมชาติจอร์แดน โดยในนัดชิงชนะเลิศที่สนามกีฬาอัลอับบาซียีน เขาสามารถยิงประตูได้และพาทีมชนะ 3-2 คว้าแชมป์รายการนี้มาครองได้เป็นครั้งแรกของประเทศ

หลังจากนั้นได้เกิดสงครามอิรักขึ้น ทำให้การแข่งขันฟุตบอลลีกในประเทศอิรักต้องหยุดลง และเขาต้องเดินทางออกนอกประเทศไปที่กรุงอาบูดาบี ประเทศสหรัฐอาหรับเอมิเรตส์ เพื่อไปเล่นฟุตบอลกับสโมสร อัลวะห์ดะฮ์ ด้วยสัญญายืมตัว

อัลวะห์ดะฮ์

ฤดูกาล 2003–2004 ยูนิส มะห์มูด เล่นให้สโมสรอัลวะห์ดะฮ์ ในยูเออีฟุตบอลลีก แต่ไม่สามารถช่วยให้ทีมผ่านเข้าไปเล่นในรอบเพลย์ออฟรอบสุดท้ายได้ โดยอัลวะห์ดะฮ์ได้อันดับสามในรอบแบ่งกลุ่ม

อย่างไรก็ตามจากผลงานที่ยอดเยี่ยมของเขาในทีมชาติชุดอายุไม่เกิน 23 ปี ที่สามารถคว้าอันดับสี่ได้ในกีฬาโอลิมปิก 2004 ที่ประเทศกรีซ ทำให้เขาถูกเสนอชื่อเพื่อเข้าชิงรางวัลนักฟุตบอลระดับเยาวชนยอดเยี่ยมของทวีปเอเชียประจำปี 2004 ร่วมกับผู้เล่นอย่างเคซุเกะ ฮนดะ, พัก จู-ย็อง, ยาวัด เนคูนาม และพัก จี-ซ็อง

อัลคูร

หลังหมดสัญญายืมตัว มะห์มูดย้ายไปเล่นในกาตาร์สตาร์ลีกกับสโมสรอัลคูร และสามารถสร้างสถิติใหม่ในลีกกาตาร์ได้ในฤดูกาล 2004–2005 โดยในเกมส์ที่สโมสรอัลคูร ถล่มสโมสรอัชชะมาลไปถึง 8-0 เมื่อวันที่ 8 เมษายน 2005 ยูนิส มะห์มูด ยิงประตูในเกมดังกล่าวถึง 6 ประตู จึงทำให้เขาเป็นผู้เล่นคนแรกที่สามารถทำดับเบิลแฮตทริกได้ในลีกสูงสุดของประเทศกาตาร์ และสร้างสถิติยิงประตูได้เร็วที่สุดในเกมส์ลีกหลังจากการแข่งขันเริ่มไปได้เพียง 30 วินาที ในเกมส์ดังกล่าวนอกจากเขาทำดับเบิลแฮตทริกและสร้างสถิติยิงเร็วที่สุดแล้ว เขายังเป็นคนส่งให้เพื่อนยิงประตูได้อีก 2 ประตูอีกด้วย หลังจบฤดูกาลเขาพาสโมสรคว้าอันดับ 3 ในลีก และชนะเลิศฟุตบอลถ้วยพระราชทานมกุฏราชกุมารแห่งกาตาร์ (Qatar Crown Prince Cup) โดยเป็นแชมป์รายการนี้ครั้งแรกของสโมสรอัลคูร

อัลเฆาะรอฟะฮ์

ปี 2006 เขาย้ายไปเล่นให้ทีมใหญ่ประจำกรุงโดฮาอย่างสโมสรอัลเฆาะรอฟะฮ์ โดยในฤดูกาล 2006–2007 ฤดูกาลแรกของเขากับสโมสร ก็สามารถยิงประตูอย่างถล่มทลายคว้ารางวัลผู้ทำประตูสูงสุดในกาตาร์สตาร์ลีก ที่จำนวน 19 ประตู และพาสโมสรคว้าตำแหน่งรองแชมป์เมื่อจบฤดูกาล รวมทั้งได้รางวัลผู้เล่นยอดเยี่ยมประจำปีของสโมสร ทั้งผลงานที่ยอดเยี่ยมในระดับสโมสรและในระดับทีมชาติที่สามารถคว้าแชมป์เอเชียนคัพ 2007 ได้ทำให้เขาได้รับการเสนอชื่อเข้าชิงรางวัลนักฟุตบอลยอดเยี่ยมของทวีปเอเชีย ประจำปี 2007 ร่วมกับยาซิร อัลเกาะห์ฏอนี และนะชาต อักร็อม และคว้าอันดับ 2 ไปครอง

ในฤดูกาล 2007–2008 มะห์มูดยิงในลีกไป 16 ประตู พาสโมสรคว้าแชมป์กาตาร์สตาร์ลีกได้สำเร็จ โดยเป็นการคว้าแชมป์ลีกสูงสุดเป็นครั้งแรกของยูนิส มะห์มูดพร้อมกันนี้สโมสรยังได้ตำแหน่งรองแชมป์ในฟุตบอลชิงถ้วยเอมีร์แห่งกาตาร์ และได้สิทธิแข่งขันในรายการเอเอฟซี แชมเปียนส์ลีก ในปี 2009

ในเดือนพฤศจิกายน 2008 มะห์มูดย้ายไปเล่นให้สโมสรกีฬาอัลอะรอบี ซึ่งเป็นทีมร่วมกรุงโดฮาของสโมสรอัลเฆาะรอฟะฮ์ เป็นการชั่วคราวด้วยสัญญายืมตัวในช่วงสั้น ๆ เป็นระยะเวลา 2 เดือน เนื่องจากสโมสรอัลเฆาะรอฟะฮ์ ต้นสังกัดของเขามีผู้เล่นต่างชาติเกินโควตาที่กำหนด

หลังหมดสัญญายืมตัว และ เฟร์นังเดา อดีตนักเตะทีมชาติบราซิลย้ายออกจากทีมไป ทำให้มีโควตาผู้เล่นต่างชาติในทีมว่าง ในเดือนมกราคม 2009 เขาจึงได้กลับมาเล่นให้อัลเฆาะรอฟะฮ์อีกครั้ง แม้จะเคยตกเป็นที่สนใจจากทีมอาแอ็ส มอนาโก ในลีกเอิง ฝรั่งเศส และทีมอื่น ๆ ในยุโรปตลอดช่วงที่ผ่านมา แต่เขาก็ยังเล่นให้สโมสรอัลเฆาะรอฟะฮ์ต่อไป

การแข่งขันเอเอฟซี แชมเปียนส์ลีก 2009 สโมสรตกรอบแรกและทำผลงานได้ไม่ดีนัก แต่ช่วงที่เหลือของฤดูกาล 2008–2009 เขาก็มีส่วนช่วยให้สโมสรป้องกันแชมป์ลีกได้สำเร็จ โดยเป็นแชมป์ลีกกาตาร์สมัยที่ 2 ของตัวเขาเอง

ฤดูกาล 2009–2010 ยูนิส มะห์มูด คว้ารางวัลดาวซัลโวกาตาร์สตาร์ลีกได้อีกครั้ง โดยยิงในลีกไปถึง 21 ประตู และพาสโมสรคว้าแชมป์กาตาร์สตาร์ลีกเป็นสมัยที่ 3 ติดต่อกันได้สำเร็จ

ต่อมาในฤดูกาล 2010–2011 สโมสรอัลเฆาะรอฟะฮ์เสียตำแหน่งแชมป์ลีกให้สโมสรเลคห์วิยา โดยได้ตำแหน่งรองแชมป์เมื่อจบฤดูกาล อย่างไรก็ตามยูนิส มะห์มูด ยังคงคว้าตำแหน่งดาวซัลโวกาตาร์สตาร์ลีกไปครองได้อีกสมัยที่ 15 ประตู โดยนับเป็นการคว้ารางวัลดาวซัลโวในลีกสูงสุดของกาตาร์ได้เป็นสมัยที่ 3 ของตัวเขาเอง ก่อนจะหมดสัญญากับสโมสรในเวลาต่อมา

อัลวักเราะฮ์

ฤดูกาล 2011–2012 ยูนิส มะห์มูด ย้ายมาเล่นให้กับสโมสรอัลวักเราะฮ์แบบไม่มีค่าตัว โดยเขายิงในกาตาร์สตาร์ลีกในฤดูกาลนี้ไป 8 ประตู และจบฤดูกาลด้วยอันดับที่ 7

ต่อมาในฤดูกาล 2012–2013 ช่วงครึ่งฤดูกาลแรก ยูนิส มะห์มูด ยิงในลีกให้อัลวักเราะฮ์ไป 8 ประตู ก่อนจะตัดสินใจย้ายไปเล่นให้กับสโมสรอัลซัด ในเดือนกุมภาพันธ์ 2013 ช่วงครึ่งหลังของฤดูกาล

อัลซัด

เดือนกุมภาพันธ์ 2013 มะห์มูด ย้ายมาเล่นให้กับอัลซัดจนจบฤดูกาล 2012–2013 โดยเขาได้เล่นคู่กับกองหน้าระดับโลกอย่างราอุล กอนซาเลซ ที่ย้ายมาจากสโมสรชัลเคอ 04 โดยมะห์มูดยิงในครึ่งฤดูกาลหลังให้อัลซัดไป 2 ประตู และมีส่วนช่วยให้สโมสรคว้าแชมป์กาตาร์สตาร์ลีกได้ในที่สุด

อัลอะฮ์ลี

ในเดือนกันยายน 2013 ยูนิส มะห์มูด ย้ายมาค้าแข้งที่ประเทศซาอุดีอาระเบีย กับสโมสรอัลอะฮ์ลีหลังจากเล่นฟุตบอลที่ประเทศกาตาร์มานานถึง 9 ปี โดยเซ็นสัญญาเป็นระยะเวลา 4 เดือน

มะห์มูดลงเล่นในซาอุดีโพรเฟชชันนัลลีก นัดแรกเมื่อวันที่ 23 กันยายน 2013 ในนัดที่บุกมาชนะสโมสรอันนะฮ์เฎาะฮ์ 5–1 ที่สนามกีฬามุฮัมมัด บิน ฟะฮัด โดยมะห์มูดยิงได้ 2 ประตูในการลงสนามนัดแรกของเขา

ต่อมาในเดือนธันวาคม 2013 ยูนิส มะห์มูด ตัดสินใจยกเลิกสัญญาก่อนสัญญาครบกำหนด 2 สัปดาห์ เนื่องจากปัญหาส่วนตัว โดยมะห์มูดลงสนามในซาอุดีโพรเฟชชันนัลลีก 6 นัด ยิงได้ 3 ประตู

อัรบีล

หลังหมดสัญญากับสโมสรอัลอะฮ์ลี ยูนิส มะห์มูด ที่ไม่ได้เล่นให้กับสโมสรใดมากว่า 1 ปี เซ็นสัญญาย้ายกลับไปเล่นฟุตบอลในบ้านเกิดที่ประเทศอิรัก กับสโมสรกีฬาอัรบีลในเดือนกุมภาพันธ์ 2015 และมีเงื่อนไขว่าจะลงเล่นให้สโมสรเฉพาะในรายการเอเอฟซีคัพเท่านั้น โดยวันที่ 15 เมษายน 2015 มะห์มูด ลงสนามให้สโมสรเป็นครั้งแรกในการแข่งขันเอเอฟซีคัพ นัดที่พบกับสโมสรเอฟซี อะฮาล จากประเทศเติร์กเมนิสถาน ที่สนามกีฬาซะอูด บิน อับดุลเราะห์มาน ประเทศกาตาร์และเขายิงคนเดียว 2 ประตู แต่สโมสรกลับเป็นฝ่ายแพ้ไป 3–2